2001年，经过上海市教委评估，国家教育部批准我院成为同济大学附属医院，2002年成立同济大学医学院临床三系，开始承担本科生和研究生理论课和实践教学任务。2017年成立同济大学东方临床医学院，全面承担本科生、硕士生、博士生和留学生教育。此外，因医院快速发展的需要，2012年之后，还相继承担南京医科大学和山西医科大学临床医学专业、锦州医科大学实验技术专业的本科生和研究生的教学任务。现每年在院培养的各类学生总人数超过1000余人。

       目前，全院有995名教师具有国家教师资格证，其中在岗硕士生导师210名、博士生导师121名。

      在教学中，开展全英语教学、PBL（Problem-Based Learning）、CBL（Case-Based Learning）、SBL（Scene-Based  Learning）等多种教学方式，并采用 Mini-CEX 和 DOPS 等形成性考核，实施以结果为导向、以学生为中心的临床医学专业能力培养的实践教学体系。

       医院先后获批国家级一流本科课程1门、国家精品在线开放课程1门、上海市精品课程1项，上海市教学成果奖一等奖1项。主编国家统编规划教材5部。